Opmerking: door de timing tijdens de maand december neemt JON niet deel aan de International Junior Science Olympiad (IJSO).
Jaarlijks nemen de beste finalisten deel aan de internationale olympiades. Elk land mag een team afvaardigen van vier deelnemers, behalve bij fysica waar vijf deelnemers toegelaten zijn. Voor België betekent dit doorgaans twee Vlaamse en twee Waalse deelnemers; bij fysica wisselt dit jaarlijks af tussen drie Vlamingen en twee Walen, en omgekeerd. Voor geografie is er een uitzondering: Vlaanderen kan vier finalisten afvaardigen, omdat er in Wallonië geen geografie-olympiade wordt georganiseerd.
Voorafgaand aan de internationale olympiades worden, indien mogelijk, extra trainingsdagen georganiseerd. De planning hiervan hangt af van de afreisdata en de beschikbaarheid van zowel lesgevers als deelnemers.
Deelnemers betalen enkel hun persoonlijke uitgaven, een eventueel internationaal paspoort en niet-basisinentingen. De vervoerskosten (vliegtuig en/of trein) en verzekering worden vergoed door het Ministerie van Onderwijs. De inschrijvingsgelden, visa en eventuele verplichte inentingen (enkel het eerste vaccin) worden gedragen door de Vlaamse Olympiades voor Natuurwetenschappen.
